Villa Medusa

Das Ernst-Haeckel-Haus "mit Archiv und Schau" wurde am 31. Oktober 1920, in den Anfangsjahren der Weimarer Republik, gegründet. Erster Direktor war der Haeckel-Schüler Heinrich Schmidt (1874-1935), der zunächst Haeckels Briefe in populären Leseausgaben veröffentlichte und dessen Gemeinverständliche Werke herausgab. Nach Hitlers Machtübernahme versuchte er Haeckel für die nationalsozialistische Bewegung attraktiv zu machen. In seiner zweiten, 1934 erschienenen Biografie Ernst Haeckel. Denkmal eines großen Lebens schrieb er, dass Haeckels "naturverbundenes biologisches Denken […] "im neuen Reich eine überraschend kraftvolle Auferstehung" feiere.

Die von Schmidt begonnene biografische und editorische Forschung wurde ab 1935 von seinem Nachfolger, dem Zoologen Victor Franz (1883-1950), fortgesetzt. Seine Professur für Zoologie war mit der Verpflichtung verbunden, die Lehre auf die Vererbungslehre und Geschichte der Biologie auszuweiten. Wie Schmidt war er bemüht, Haeckel als Wegbereiter des Nationalsozialismus zu stilisieren.

Nach dem Zweiten Weltkrieg wurde das Ernst-Haeckel-Haus an die Universität angegliedert. Unter dem Direktorat von Georg Uschmann (1913-1986) wurde der biologiehistorische Schwerpunkt auf die Wissenschaftsgeschichte ausgeweitet und 1965 eine Professur für Wissenschaftsgeschichte geschaffen. 1971 wurde eine Kustodenstelle zur Betreuung des Archivs und Museums eingerichtet und mit Erika Krauße (1935-2003) besetzt, die bis zu ihrem Ausscheiden im Jahr 2000 das wissenschaftshistorische Profil des Ernst-Haeckel-Hauses wesentlich mitprägte. In ihren biografischen Arbeiten zu Haeckel untersuchte sie seine Stellung innerhalb der Geschichte der Biologie und seine Wirkung auf die Kunst und Architektur seiner Zeit. Sie öffnete schon zu Zeiten der DDR das Archiv für Nutzerinnen und Nutzer aus dem In- und Ausland und förderte damit nachhaltig das internationale Forschungsinteresse an Haeckel.

Unter dem Direktorat von Rüdiger Stolz wurden die in den einzelnen Naturwissenschaften vorhandenen wissenschaftshistorischen Kompetenzen der Universität am Ernst-Haeckel-Haus gebündelt. Die Wissenschaftsgeschichte wurde disziplinär organisiert und bestand aus der Summe der Geschichten der einzelnen naturwissenschaftlichen Disziplinen.

Nach der Deutschen Einheit kam das Ernst-Haeckel-Haus an die biologisch-pharmazeutische Fakultät. Obwohl an einer naturwissenschaftlichen Fakultät angesiedelt, wurde die Wissenschaftsgeschichte unter dem Direktorat von Olaf Breidbach (1957-2014) kulturwissenschaftlich ausgerichtet. Breidbach hinterfragte als Biologe und Philosoph die Objektivitätsansprüche der Naturwissenschaften und suchte diese (wissenschafts-) historisch zu relativieren. Er selbst interessierte sich insbesondere für das Anschauliche im Werk Haeckels sowie dessen Beitrag zum morphologischen Denken. Außerdem begründete er die Reihe Ernst-Haeckel-Haus-Studien Monographien zur Geschichte der Biowissenschaften und Medizin. 

Im Zeitraum von 1998 bis 2010 war das Ernst-Haeckel-Haus in den Sonderforschungsbereich 482 "Ereignis Weimar-Jena. Kultur um 1800" eingebunden, dessen Sprecher Breidbach von 2007 bis 2010 war. In dieser Zeit entstand eine ganze Reihe von Arbeiten zum Verhältnis von Naturforschung und (Natur-)Philosophie um 1800.